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Vice versa funktioniert das Prinzip des Antigennachweises. In diesem Fall handelt es sich wieder um einen direkten Nachweis des Erregers SARS-CoV-2, allerdings nicht über seine Erbinformation, sondern über die Proteine, die in der Virushülle vorhanden sind. In diesem Fall können markierte Antikörper die viralen Antigene (= SARS-CoV-2-Proteine) aus der Speichel- oder Stuhlprobe erkennen.